Δύσκολη η επιβίωση των αυτοκρατορικών πιγκουίνων και αιτία η κλιματική αλλαγή, καθώς και η άνοδος της θερμοκρασίας.

Οι πιγκουίνοι μεγαλώνουν τα μικρά τους στους θαλάσσιους πάγους, οι οποίοι, με τα νέα δεδομένα, λιώνουν και περιορίζονται. Εάν δεν έχουμε κάποια αλλαγή στις υπάρχουσες συνθήκες έως το 2100, θα έχουμε απότομη πτώση στον πληθυσμό τους έως το τέλος του αιώνα.

Οι αυτοκρατορικοί πιγκουίνοι ανήκουν στην κατηγορία των σχεδόν επαπειλούμενων ειδών και σύντομα αναμένεται να ενταχθούν στην κατηγορία των ευάλωτων ειδών, για τα οποία ο κίνδυνος είναι μεγαλύτερος.

Σύμφωνα με υπολογισμούς, σήμερα στην Ανταρκτική ζουν 250.000 ζευγάρια πιγκουίνων, τα οποία βιώνουν σκληρούς χειμώνες, είναι μαχητές, αλλά υπάρχει φόβος για το μέγεθος της ανθεκτικότητάς τους κάτω από αυτές τις συνθήκες.